菏泽高新区位于菏泽城区西部，面积128平方公里、人口11万。2001年底开始规划建设，2006年3月被省政府批准为省级经济技术开发区，2008年1月被省政府列为省级高新技术产业开发区，2013年10月理顺管理体制。是国家火炬生物医药特色产业基地、国家级知识产权集群化管理试点区、山东省第一批生物高技术产业基地、省级可持续发展实验区、山东省创新药物（菏泽）孵化基地、省级战略性新兴产业（生物医药）示范基地、省级首批海智工作基地和省级文明单位。　　菏泽市地处中原腹地，四省交界之处；它承东启西，引南连北，将沿海港口、中原腹地连为一体。作为一个纵横交错的交通枢纽城市，备受世人瞩目，贯穿南北的京九线、链接东西的新兖石铁路在此十字教会，菏泽机场及连接京沪高铁、京广高铁的城际高铁正在建设中，日南、济广、菏东、德商四条高速公路与规划建设的菏鱼、东新高速形成了米字型框架。国道、省道干支相连，京杭大运河与洙水河航道相通，与周边的济南机场、郑州国际机场、曲阜机场以及在建的菏泽机场形成了立体化的交通网络，成为东通沿海发达经济带，西联能源富集区的黄金区域。